南京理工大学自动化学院前身，是原中国人民解放军军事工程学院炮兵工程系的随动系统和指挥仪专业。历经三十余年不断调整，于1984年正式建系，2005年底成立学院。作为南京理工大学主要院系之一，自动化学院以复杂系统控制、火力控制、导航制导控制、模式识别及智能控制和控制工程见长，并致力于发展新一代基于物联网控制和信息技术的基础研究和创新探索。
自动化学院在国家科技研发中发挥着重要的作用，先后承担国家自然科学基金项目、国家“863”高技术项目、国家兵器型号项目和国防科技预研项目等200余项。同时，学院与省市地方各级企业建立了广泛而紧密的合作，以最新的技术和成果服务于社会。学院与美国休斯敦大学、新加坡南洋理工大学、香港大学等国内外十余所著名高校保持长期合作关系，通过青年教师和学生的双向交流和学术合作，为人才培养创造了良好的条件和环境。